Ўзбекистон мусулмонлари идораси 1943 йил 20 октябрда Тошкент шаҳрида бўлиб ўтган Уламолар ва дин арбоблари қурултойида таъсис этилган.

Эшон Бобохон ибн Абдулмажидхон бошчилигидаги қардош республика уламолари 1943 йил 12 июлда СССР Олий Совети Президиумига Ўрта Осиё ва Қозоғистон мусулмонлари диний назоратини очиш таклифи билан расмий хат йўллади. Шу йилнинг 31 июлида 55-қарор билан диний идора очишга рухсат олинади.

Диний назорат очиш бўйича амалий чораларни кўриш мақсадида минтақа мусулмонларининг ташкилий комиссияси тузилди. Комиссия таркибига Ўзбекистондан Шайх Эшон Бобохон ибн Абдулмажидхон ва Зиёвуддинхон ибн Эшон Бобохон, Қозоғистондан Шайх Абдуғаффор, Тожикистондан Шайх Солиҳ Бобокалон, Қирғизистондан Шайх Олимхон Тўра Шокир, Туркманистондан Шайх Анна Эшон ва бир қанча кўзга кўринган диний арбоблар киритилди. Ташкилий ишларда иштирок этиш учун собиқ иттифоқнинг Европа қисми ва Сибирия мусулмонлари диний бошқармаси раиси Шайх Абдураҳмон Росули ва бошқа обрўли уламолар таклиф этилди.

Саъй-ҳаракатлар натижасида 1943 йил 15-20 октябрда Ўрта Осиё ва Қозоғистон мусулмонларининг биринчи қурултойи Шайх Эшон Бобохоннинг Қорасаройдаги ҳовлисида бўлиб ўтди.

Қурултойда минтақанинг 5 республикасидан 160 дан ортиқ вакил қатнашди ва Тошкент шаҳрида “Ўрта Осиё ва Қозоғистон мусулмонлари диний назорати” номи билан янги диний марказ ташкил этилганлиги ҳақида қарор қабул қилинди. Унда 11 кишидан иборат олий ҳайъати ва 5 кишидан иборат тафтиш комиссияси таркиби тасдиқланди.

160 нафар вакил бир овоздан Шайх Эшон Бобохон ибн Абдулмажидхонни янги ташкил этилган Ўрта Осиё ва Қозоғистон мусулмонлари диний назоратининг илк раиси ва беш республика муфтийси этиб сайлашди.

ХV-ХVI асрларда қурилган тарихий меъморий ёдгорлик, Ҳазрати Имом маҳалласидаги “Бароқхон” мадрасаси биноси 1956 йилда таъмирланиб, шу йилга қадар Муфтий Эшон Бобохон ибн Абдулмажидхоннинг ҳовлисида жойлашган Ўрта Осиё ва Қозоғистон мусулмонлари диний назоратининг идорасига айлантирилди. Диний идора 2007 йилгача “Бароқхон” мадрасасида фаолият юритди.

1943 йилда ташкил этилган Ўрта Осиё ва Қозоғистон мусулмонлари диний назорати, кейинчалик диний бошқарма деб номланди. СССР таркибидаги давлатлар мустақилликка эришгач, 1992 йилдан Марказий Осиё республикаларининг ҳар бирида диний бошқармалар қайта ташкил этилди. Юртимиздаги диний бошқарма 1992-1995 йилларда Мовароуннаҳр мусулмонлари идораси, 1996 йилдан Ўзбекистон мусулмонлари идораси, дея юритила бошланди.

2007 йил “Тошкент – ислом маданияти пойтахти” деб эълон қилингач, Ҳазрати Имом мажмуасида кенг кўлам қурилиш ва таъмирлаш ишлари олиб борилди ва Ўзбекистон мусулмонлари идорасининг янги биноси фойдаланишга топширилди. 2025 йилда Ўзбекистон мусулмонлари идораси маъмурияти Тошкент шаҳрида бунёд этилган муҳташам Ўзбекистондаги Ислом цивилизацияси маркази биносига кўчиб ўтди.