O‘zbekiston musulmonlari idorasi 1943 yil 20 oktyabrda Toshkent shahrida bo‘lib o‘tgan Ulamolar va din arboblari qurultoyida ta’sis etilgan.

Eshon Boboxon ibn Abdulmajidxon boshchiligidagi qardosh respublika ulamolari 1943 yil 12 iyulda SSSR Oliy Soveti Prezidiumiga O‘rta Osiyo va Qozog‘iston musulmonlari diniy nazoratini ochish taklifi bilan rasmiy xat yo‘lladi. Shu yilning 31 iyulida 55-qaror bilan diniy idora ochishga ruxsat olinadi.

Diniy nazorat ochish bo‘yicha amaliy choralarni ko‘rish maqsadida mintaqa musulmonlarining tashkiliy komissiyasi tuzildi. Komissiya tarkibiga O‘zbekistondan Shayx Eshon Boboxon ibn Abdulmajidxon va Ziyovuddinxon ibn Eshon Boboxon, Qozog‘istondan Shayx Abdug‘affor, Tojikistondan Shayx Solih Bobokalon, Qirg‘izistondan Shayx Olimxon To‘ra Shokir, Turkmanistondan Shayx Anna Eshon va bir qancha ko‘zga ko‘ringan diniy arboblar kiritildi. Tashkiliy ishlarda ishtirok etish uchun sobiq ittifoqning Yevropa qismi va Sibiriya musulmonlari diniy boshqarmasi raisi Shayx Abdurahmon Rosuli va boshqa obro‘li ulamolar taklif etildi.

Sa’y-harakatlar natijasida 1943 yil 15-20 oktyabrda O‘rta Osiyo va Qozog‘iston musulmonlarining birinchi qurultoyi Shayx Eshon Boboxonning Qorasaroydagi hovlisida bo‘lib o‘tdi.

Qurultoyda mintaqaning 5 respublikasidan 160 dan ortiq vakil qatnashdi va Toshkent shahrida “O‘rta Osiyo va Qozog‘iston musulmonlari diniy nazorati” nomi bilan yangi diniy markaz tashkil etilganligi haqida qaror qabul qilindi. Unda 11 kishidan iborat oliy hay’ati va 5 kishidan iborat taftish komissiyasi tarkibi tasdiqlandi.

160 nafar vakil bir ovozdan Shayx Eshon Boboxon ibn Abdulmajidxonni yangi tashkil etilgan O‘rta Osiyo va Qozog‘iston musulmonlari diniy nazoratining ilk raisi va besh respublika muftiysi etib saylashdi.

XV-XVI asrlarda qurilgan tarixiy me’moriy yodgorlik, Hazrati Imom mahallasidagi “Baroqxon” madrasasi binosi 1956 yilda ta’mirlanib, shu yilga qadar Muftiy Eshon Boboxon ibn Abdulmajidxonning hovlisida joylashgan O‘rta Osiyo va Qozog‘iston musulmonlari diniy nazoratining idorasiga aylantirildi. Diniy idora 2007 yilgacha “Baroqxon” madrasasida faoliyat yuritdi.

1943 yilda tashkil etilgan O‘rta Osiyo va Qozog‘iston musulmonlari diniy nazorati, keyinchalik diniy boshqarma deb nomlandi. SSSR tarkibidagi davlatlar mustaqillikka erishgach, 1992 yildan Markaziy Osiyo respublikalarining har birida diniy boshqarmalar qayta tashkil etildi. Yurtimizdagi diniy boshqarma 1992-1995 yillarda Movarounnahr musulmonlari idorasi, 1996 yildan O‘zbekiston musulmonlari idorasi, deya yuritila boshlandi.

2007 yil “Toshkent – islom madaniyati poytaxti” deb e’lon qilingach, Hazrati Imom majmuasida keng ko‘lam qurilish va ta’mirlash ishlari olib borildi va O‘zbekiston musulmonlari idorasining yangi binosi foydalanishga topshirildi.